Il Liceo Scientifico è stato istituito come sede distaccata del Liceo "Avogadro" di Roma nell'anno scolastico 1959-60. In poco tempo è divenuto il riferimento per un notevole numero di giovani, provenienti non solo dall'area urbana di Anzio e Nettuno, ma anche di Ardea, Aprilia, Pomezia e Latina.

Sede autonoma dall'anno scolastico 1968-69, nell'anno successivo ha assunto l'intitolazione di "Innocenzo XII"(Collegio dei Docenti del 25-2-1970).

"La scelta del nome fu determinata dalla precisa segnalazione dei lavori dei diversi alunni, che documentarono l'importanza veramente eccezionale e provvidenziale dell'incontro fra la cittadina di Anzio ed il Sommo Pontefice Innocenzo XII la graduale e prodigiosa rinascita della cittadina di Anzio, dopo quasi un millennio di completo e totale abbandono che va dall'età medievale fin quasi alle soglie del 1700, ha decisamente avuto il felice avvio dalle numerose opere realizzate dalla precisa e determinata volontà del Sommo Pontefice Innocenzo XII, la cui aspirazione era quella di fare di Anzio una cittadina commercialmente operosa, con il suo attivo Porto, che doveva divenire il secondo Porto di Roma".

Così è riportato dal verbale di quella seduta. Dal 1992-93 al 2001-2002 viene annesso il Liceo Classico, che se ne distacca dall'a.s. 2002/03.

Il Liceo Scientifico di Anzio, in questi anni di vita, ha dato un tangibile contributo alla crescita culturale e sociale dei giovani del territorio in cui ha operato. Numerose sono state le iniziative culturali e le attività organizzate nel tempo dall'Istituto. Convegni, mostre, incontri con personalità di rilievo del mondo della cultura, partecipazione a concorsi provinciali e nazionali, attività sportive, teatrali, di informatica. Forte è il senso di appartenenza a questa istituzione scolastica da parte degli studenti che negli anni si sono succeduti. Molti di loro hanno oggi i loro figli all'Innocenzo XII. Nel 1999, in occasione della ricorrenza dei 30 anni di vita dell'Istituto, è stato realizzato un annuario, al quale si rifà questa stessa presentazione, dove, tra l'altro, sono elencati i nomi di tutti gli studenti che hanno ottenuto la licenza liceale dal 1964 al 1999. Sempre nel 1999 è nata l'Associazione culturale ex allievi Liceo Scientifico Innocenzo XII denominata "Pegaso".

Dal 1 settembre 2002 è tornato ad essere liceo scientifico.

Dal 1 settembre dell'anno scolastico 2010/2011 l'Innocenzo XII è anche liceo linguistico.