Il Liceo Scientifico è stato istituito come sede distaccata del Liceo "Avogadro" di Roma nell'anno scolastico 1959-60
Settembre 1968
Sede autonoma dall'anno scolastico 1968-69, nell'anno successivo ha assunto l'intitolazione di "Innocenzo XII"(Collegio dei Docenti del 25-2-1970).
Settembre 1992
Così è riportato dal verbale di quella seduta. Dal 1992-93 al 2001-2002 viene annesso il Liceo Classico, che se ne distacca dall'a.s. 2002/03.
Settembre 1999
Nel 1999, in occasione della ricorrenza dei 30 anni di vita dell'Istituto, è stato realizzato un annuario, al quale si rifà questa stessa presentazione, dove, tra l'altro, sono elencati i nomi di tutti gli studenti che hanno ottenuto la licenza liceale dal 1964 al 1999.
Settembre 1999
Sempre nel 1999 è nata l'Associazione culturale ex allievi Liceo Scientifico Innocenzo XII denominata "Pegaso".
Settembre 2002
Dal 1 settembre 2002 è tornato ad essere liceo scientifico. Dal 1 settembre dell'anno scolastico 2010/2011 l'Innocenzo XII è anche liceo linguistico.